MiniLIMs

MiniLIMs

MiniLIMs application is a software solution for storing, organizing and tracking a complete set of descriptive information for ETS experiments.

PRODUCT DESCRIPTION

Los avances en la biología molecular (secuenciación masiva del ADN, análisis de la expresión de miles de genes, determinación de la estructura tridimensional de las proteínas, etc.) permiten la generación de una gran cantidad de información cuyo análisis requiere el uso de herramientas de cálculo altamente especializadas y cada vez más inter-relacionadas entre sí. Es frecuente, por ejemplo, que tras la secuenciación del ADN se busque identificar la función de los genes codificados en él mediante su comparación con otros genes o con las proteínas que codifican, o dilucidar su conformación espacial por predicción de la estructura, y su relación con otros genes en las rutas metabólicas en que están implicados.

Las respuestas a estos problemas de tratamiento e interpretación de grandes cantidades de información con métodos específicos pero a su vez relacionados, nos las proporcionan entre otras, la organización en bases de datos, los motores de búsqueda bases de datos que proporcionan acceso a los datos, y el software específico del campo de trabajo con sus diversos algoritmos (comparación de secuencias, predicción de estructuras, identificación de genes, etc.) y por su puesto, la interconexión total entre bases de datos y usuarios en todo el globo a través de la “Red de Redes”: Internet.

Este campo de actuación se conoce como bioinformática. La Bioinformática es el campo de la ciencia en donde la biología, la informática y la tecnología se fusionan en una sola disciplina, con la meta de descubrir nuevos abordajes biológicos así como crear una perspectiva global que permita analizar los principios de unificación en Biología.

SRS, Sequence Retrieval System, es un potente gestor de bases de datos -de dominio público- desarrollado específicamente para trabajar con bases de datos biológicas. El objetivo de SRS es proporcionar un acceso muy eficiente a las bases de datos de contenido biológico, permitiendo acceder a las mismas en cualquier formato en que estén disponibles usando mecanismos complejos de búsqueda y permitiendo su extensión con aplicaciones propias.

La finalidad de este sitio web consiste en el almacenamiento de distintas bases de datos, para que puedan ser tratadas con las diferentes herramientas de desarrollo disponibles (SeqClean, BLAST, TGICL) además de aprovechar la potencia y versatilidad de SRS integrándolas en dicho programa para después utilizar tanto sus propias herramientas como investigar la incorporación de nuestro propio software a la plataforma.

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