PCI2010

PCI2010

Computación avanzada en aplicaciones Biomédicas.

PROJECT DETAILS

Las tecnologías de nueva generación en las áreas de biología molecular y medicina genómica están produciendo, literalmente, montañas de datos. La diversidad de aplicaciones que los explotan van desde la re-secuenciación de genomas para el descubrimiento de polimorfismos en humanos, hasta el estudio de las interacciones entre proteínas para el descubrimiento de nuevos fármacos. Estas tecnologías ofrecen a los biólogos y clínicos oportunidades sin precedentes para acercarnos a la medicina personalizada.

Lamentablemente los problemas computacionales planteados por los grandes volúmenes de datos (‘Big data’ problem) no tienen una solución trivial. Una razón fundamental es que la computación secuencial está alcanzando sus límites, no siendo ya capaz de seguir el ritmo de la producción de datos. Existe por tanto una presión importante, tanto para adecuar el software actual como para crear nuevo software. En esta línea, la ‘Computación de Alto Rendimiento’ (HPC: High Performance Computing) es la alternativa más prometedora para abordar el problema.

Con esta motivación en mente, se han coordinado cuatro grupos de trabajo con equipamiento y experiencia HPC en aplicaciones biomédicas y bioinformáticas para buscar soluciones que puedan servir como paradigma para resolver “conjuntos de problemas” producidos por los grandes volúmenes de datos. Las líneas de trabajo de estos grupos es complementaria y permitirían identificar aplicaciones “tipo” sobre las que explorar soluciones HPC. Para elegir las aplicaciones usaremos las estructuras de cálculo que presentan y las fronteras que las limitan.

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